กลุ่มงานในโรงพยาบาลชะอำแบ่งออกเป็น 7 กลุ่มงานหลักดังนี้

1.กลุ่มงานบริหาร

2.ทีมแพทย์

3.กลุ่มการพยาบาล

4.กลุ่มงานบริการ

5.กลุ่มงานเวชปฏิบัติครอบครัวและบริการปฐมภูมิ

6.กลุ่มงานเทคนิคบริการ

7.กลุ่มภารกิจด้านอำนวยการ